El SIEMS se caracteriza por contar con una estructura organizativa y con mecanismos y medios eficaces que potencien y articulen las capacidades de las dependencias académicas que lo integran. Forman parte del SIEMS las dependencias académicas siguientes:
1. Escuela Preparatoria Número Uno
2. Escuela Preparatoria Número Dos
3. Unidad Académica